如果FTA經貿效應指涉既定或外生（exogenous）的政治/FTA政策、制度所引發的經濟後果（經濟學一般而言比較不強調過程），那麼FTA的政治經濟學或可理解成政治與經濟的互動過程與結果，此時的政治與經濟都可視為內生變數（當然，時間如果拉得夠長，幾乎所有變數都可視為內生）。此外，一般而言，經濟活動本質上具有整合的趨勢，而政治則可能成為促進或分裂的力量。

一、 FTA的經貿效應

一般而言，FTA談判主要涉及市場進入（如關稅或促進FDI）、貿易規則（如反傾銷）與新興議題（比如部分FTA會觸及勞工與環保議題）等三大部分。

FTA的經貿效應：主要包括FTA的關稅差別待遇效應（貿易創造、貿易轉移、投資創造、投資轉移、貿易條件改變），以及FTA的投資相關規範（投資議題本身、服務貿易、IPR、自然人移動與競爭政策）與原產地原則（rules of origin, ROO）所引發的投資效應等。

就FTA的經貿效應之實際預測或評估而言，主要則以新古典貿易理論為基礎，據以實證針對FTA的成員與非成員之整體經濟福利等靜態利益、投資（跨國公司）與經濟成長等動態利益的影響等。

（一） 貿易部分：
Viner(1950)率先提出「貿易創造」與「貿易轉移」概念，並藉以戳破經貿結盟必然帶來正面經濟效益的樂觀預測。因為FTA或關稅同盟取消國內與伙伴國之間的貿易差別待遇，使得伙伴國較有效率的生產，取代國內生產(因而發生貿易)，這部分的經濟效益為「貿易創造」；此外，由於並沒有取消針對其他國家的差別待遇，使得伙伴國較無效率的生產取代其他國家的生產(因而改變貿易)，這部分的經濟成本是為「貿易轉移」。

（二） FDI部分：
FTA的FDI效果可說日益重要，尤其簽署內容往往超越傳統商品貿易的「深度整合型FTA」，投資吸引的動機甚至大過貿易擴大動機。細述如下：

投資創造效果（investment creation effect）：由於FTA之後實施新的貿易規則所額外增加的投資機會。主要源於市場擴大（關稅與非關稅貿易障礙的撤除），以及區域內足以影響投資的各項限制減少，例如先前所提到的服務業市場對外鬆綁，甚至對外籍投資人的保護也增加等措施。簽署可促使其國內政策更趨穩定（可預測）與透明化等因素，凡此皆有利於不同的跨國生產階段或產業分工之佈局，進而吸引更多的外人直接投資（FDI）。

投資轉移效果（investment diversion effect）： FTA的差別待遇包括更為優惠的關稅與市場開放條件等，某種程度也會迫使本來在他地或本國從事生產的非成員國企業來投資，因而改變投資流向。比如說，由於台灣沒有跟東協整體或個別國家簽署FTA而被排除在外，台灣自然無法享受相關貿易優惠，這時候可能會增加台商在當地建立灘頭堡式（beachhead）的投資誘因。

整體而言，由於多數現行的FTA涵蓋領域甚廣，特別是攸關投資自由化的「投資相關規範」（投資本身、服務貿易、IPR、自然人移動與競爭政策）頗為具體，因此投資創造效果一般要大過貿易轉移效果。
總而言之，除了貿易優惠關稅所引發的投資效果之外，這些FTA本身關於投資的規範，都會影響投資動向，尤其是隨著FTA而來且繁複的「優惠性原產地原則」（preferential rules of origin）規定，往往成了保護簽約國國內中間產品或零組件產業（intermediate goods）的溫床，引發外商到自由貿易區內設廠的投資轉移效果。

至於原產地原則影響投資流向的作用與管道則包括：

ROO主要衍生依從成本（compliance costs）與改變經濟決定的經濟或生產成本。依從成本則包括行政管理（官方）和證明成本（廠商企業）。

ROO的嚴苛程度也將影響投資轉移效果的大小，特別是在產業跨國分工日益盛行的今天。亦即原產地原則其實隱含著投資效應。

大量且重疊的FTA也帶來相當嚴重的關務行政管理問題（將直接導致交易成本的增加，甚至引發貪腐），尤其是「優惠性原產地原則」所導致的”spaghetti bowl effects”（義大利麵碗效應）等後遺症，更可能對企業的生產佈局或國家的貿易型態造成扭曲。

ROO往往也演變成「非關稅貿易障礙」（NTB）。而隨著FTA的日益風行，如何簡化原產地原則顯然已經成為重要課題。

二、 FTA的政治經濟學

（一） 首先是系統性問題（區域與全球治理）

1. 包括此波區域主義何以興起，以及當初一個不起眼的「非歧視原則」例外規定，是否已威脅到多邊貿易談判體系如WTO的實質運作與功能(新回合談判的延宕、非歧視原則的完整性，以及爭端解決機制的權威)，尤其是談判資源、政治與議題注意力之移轉。此即著名的FTA究竟是WTO的「踏腳石」（building block）或「絆腳石」（stumbling block）問題（Bhagwati, 1993）。至於1947年GATT為何留下此一條款，主要乃跟英國在降低關稅的同時，希望對戰前殖民地給予特別關稅優惠以利繼續維持特殊關係有關。

2. 探索FTA或區域主義的極限，究竟有哪些議題只適合或比較適合放在多邊體系（WTO）來談判？比如農業談判、反傾銷，以及產品標準化或相互認證協定（MRA）等議題。而所謂「適合」的標準，狹義而言指的是貿易自由化。

3. 研析如何將區域主義多邊化（Multilateralizing Regionalism）：此一想法主要來自瑞士學者R. Baldwin的倡議，預測各國將因眾多FTA所增加的交易成本遞增而被迫做多邊協調，尤其是錯綜複雜的原產地原則（rule of origin）。

（二） 區域建制競爭

1. 東亞區域主義的發展與對台灣的影響：包括「東協加一」（日、中、韓個別）、「東協加三」（日中韓一起）、「東亞峰會」（以東協加三成員為核心，外加印度、與紐澳等三國）等倡議的實質內容與整合進程。也將借鏡「歐盟整合」（FTA與關稅同盟、共同市場、貨幣與金融整合…）經驗反思東亞區域整合的特色與未來。

2. APEC（亞太經濟合作會議）在區域經濟整合議題的角色與相關倡議，特別是由美國所主導的FTAAP（亞太自由貿易區）的可行性與策略性角色。

（三） FTA作為一種「經濟戰略」（economic statecraft）

1. FTA作為一種「經濟戰略」，指一國往往藉由FTA此一經濟手段來達到經濟或非經濟目標（Steil and Litan, 2006）。就政治現實而言，FTA往往負載了非經濟層面的任務與功能，所以不單純只是一種經貿結盟或安排，很多時候往往成為「外交政策之代理」（proxy for a foreign policy）。從洽簽對象的選擇（favoritism）、過程的折衝，甚至到最後的完成簽署與否，政治誘發的動機更是不可忽略。比如美國在選擇洽簽對象時的「區域安全與平衡」考量，以及中國之在東南亞將FTA與「睦鄰外交」掛鉤，甚至以之作為在國際間孤立台灣的新工具。此種出自「擴大影響力」動機的FTA洽簽舉動，往往超越純粹貿易（商業）政策的考慮。

2. 美國、中國、日本與歐盟FTA政策之比較分析：尤其是這些國家或集團，如何運用FTA此一經濟戰略作為貿易政策與貿易外交的工具，甚至與貿易政治（國內面向，所得重分配）的具體關連為何，在在值得深入探索。