FTA（雙邊或區域主義）在全球特別是亞太地區的蔓延，已經對國際經貿體系產生巨大衝擊，包括WTO （多邊主義）與APEC（協調式單邊主義）。
FTA對成員的「優惠」處理方式（關稅或非關稅），形同對非成員的「差別待遇」，對立基於「非歧視原則」的WTO而言，當然是個例外。然而，例外多了就成了通案，甚至構成「系統問題」。之所以成為「問題」，主要有兩個原因，一來，FTA洽簽數目的大幅增加，截至2006年二月底為止，全球已經生效的RTA（區域貿易安排）件數已高達193宗（預料到2007年將超過300宗），且增加速度與日遽增。其中FTA高達160宗（商品貿易協定124，服務貿易協定36），關稅同盟則有11起之多。其餘22起則援引「授權條款」（enabling clause/1979/東京回合）而來。另就RTA的地理分佈而言，則以歐洲的密度最高，超過100宗，但從二十一世紀開始，洽簽重心逐漸移往亞太地區，目前為RTA所涵蓋的貿易量估計已佔全球貿易量的二分之一。
再者，重要經貿大國（或經濟體）之逐漸成為要角，從早期的歐盟，到1980年代中期以後的美國，再到二十一世紀初開始加入賽局的日本與中國等。
換言之，隨著FTA的蔓延，WTO的角色與功能極有可能會被弱化。
2006年適逢WTO杜哈談判回合（DDA）進入成敗關鍵時刻（預計2006年七月底前提出減讓模式、十二月底前提出減讓清單）， 雖然談判一旦破局的後果殊難想像，一般也提出兩項基本判斷。一來，好不容易在2005年12月香港部長會議中所達成的各項承諾將形同歸零，而這也等於是二戰之後貿易自由化進程的一大挫敗；另外，從20世紀90年代以來日益蔓延的自由貿易協定（Free Trade Agreement, FTA）勢必更加盛行。
對APEC而言，由於組織特性，被FTA衝擊的管道更是複雜，除了上述原因之外，另包括以下兩項：
1. APEC相當程度乃引WTO的談判結果作為貿易自由化主要動力，因此，一旦WTO的角色與功能被FTA弱化，APEC的貿易自由化進程等於間接受到影響。
2. 對APEC最直接的衝擊則屬日益高漲的東亞區域主義。從1997/8東亞金融危機之後的「東協加一」（在促成雙邊FTA洽簽方面成果斐然）與「東協加三」（在包括能源與金融等功能性合作領域也頗有成績），以及2005年12月中旬的「東亞高峰會」，所凸顯出的「東亞區域認同」，對成員廣披亞太地區的APEC來說，無疑是個重大威脅。
是以，APEC不得不面對FTA所帶來的挑戰，特別是在「貿易政策」的協調此一焦點上。
從2002年墨西哥年會開始正式回應區域內FTA 問題的APEC，其處理基調可以2004年領袖會議所達成的共識為代表：期使FTA成為加速區域內經貿自由化的重要角色,一方面促進茂物目標（Bogor Goals）之實現，同時推進WTO 談判議程。當然，這一切都必須在充分考慮APEC 本身的組織特性（開放區域主義）、重要成員的意圖、開發中經濟體成員的能力等因素之前提下進行。
APEC更在2004年具體擬定出包括「APEC的FTA最佳範例（APEC Best Practices），以及透明化（transparency）兩個努力目標。最佳範例主要目的在於促成區域內高品質、透明化與開放（儘量不要排斥條件符合的其他經濟體加入）FTA。
而上述所謂「高品質」的FTA重點包括：
1. FTA的締約內容須符合APEC的目標及原則，亦即茂物目標與大阪行動綱領；符合WTO有關FTA的相關構成要件，亦即須受GATT第二十四條，以及GATS第五條之規範；此外，即使涉及開發中國家，也儘量不要援引成立要件較為鬆散的授權/培植條款（Enabling Clause）來作為法源。
2. 區域內FTA應超越對WTO的自由化承諾，特別是那些WTO尚未完成或觸及的領域，APEC各經濟體應在未來WTO的相關談判取得領導的角色。
3. 全面性（comprehensiveness），亦即FTA應儘量減少「敏感部門」的範圍，並縮短這些部門到完全自由化之前的過渡期限。所欲撤除的貿易障礙除了傳統的關稅之外，更應擴及非關稅貿易手段，以及攸關「服務貿易」的障礙。
4. 其他尚且包括應涵蓋「貿易便捷化」領域、建立有關FTA執行所產生的爭端之諮商與仲裁機制（儘量不與WTO爭端解決機制功能重複），以及應儘可能簡化「原產地原則」（rules of origins），以期貿易扭曲最小等。
2005年APEC部長宣言高揭「釜山路徑圖」（Busan Roadmap），裡頭再次強調要促進區域內「高品質FTA」之實現。此外，也再度確認FTA成為IAP（個別行動計畫）裡應被檢視的新項目。至於領袖宣言則重申了區域內「高品質、透明、一致性FTA」的重要性，也肯定「FTA貿易便捷化標竿作法」（Trade Facilitation Model Measures for FTA）做為區域內FTA談判指南，並希望在2008年以前將此作法盡可能擴及所有FTA重要議題中，被各經濟體確認（同意）的談判章節。
截至目前，2006年APEC則除了繼續召開有關FTA的政策對話之外，更有下列兩項重要工作計畫，包括由CTI（貿易暨投資委員會）所負責的擬定、有關發展在2008年以前訂定FTA各重要議題的標竿作法（model measures）。APEC目前僅在2005年完成重點在關務的「FTA貿易便捷化標竿作法」。其次將由地主國越南負責在胡志明市舉行第四次「FTA政策對話」。
APEC分別已在2003年的泰國、2004年的智利，以及2005年的韓國舉辦過三次
「FTA政策對話」，作為資深官員與其它APEC關係利害人（stakeholders）的政
策溝通平台，以往也發揮了以下三項功能：
1. 交換關於FTA的意見與經驗，以及、檢視區域內FTA的現狀。
2. 討論FTA的可能發展，特別關注是否與WTO的規範跟茂物目標一致。
3. 希望找出有效方法，確保FTA最佳範例的執行並發揮出最大利益。
而越南此次的「FTA政策對話」最大的特點在於強調私部門的參與，不僅可藉以納入企業界的觀點，協助APEC發展相關議題能力建構倡議，以期提供更多的可能政策選項，最後避免此區域因過多且繁複的FTA所導致的”spaghetti bowl”後遺症。眾所周知，大量且重疊的FTA會帶來相當嚴重的關務行政管理問題（將直接導致交易成本的增加，以及引發貪腐），尤其是繁複的「優惠性原產地原則」（preferential rules of origin）所導致的”spaghetti bowl effects”後遺症，更可能對企業的生產佈局或國家的貿易型態造成扭曲。隨著FTA的日益風行，如何簡化原產地原則顯然已經成為重要課題。
WTO目前的首要應對方式即在強調FTA透明化原則（透過Negotiating Group on Rules；預計將在2006年四月底提出WTO 的RTA的透明化原則之增修條文決定，也希望在2006年底前針對GATT 24條的RTA構成要件”substantial all the trade”與相關釋義書中有關簽訂RTA之後，貿易自由化的「過渡時間」等規範提出建議與說明），以及密切注意其對經濟發展的可能影響（詳見2001年多哈部長會議聲明以及2005年香港部長會議聲明）。
平心而論，在面對此波利弊兼具、方向不明的雙邊主義之FTA風潮，比起WTO的束手無策，APEC的靈活與務實反而更勝一籌。而觀察APEC 針對FTA 的處理模式，除了繼續關注系統性問題之外，其實還是相當務實的把注意力放在FTA 所引發的技術性問題上面，尤其是再三被強調的貿易便捷化與原產地原則之調和。我國應該把握APEC 架構下所提供的各種機會，及早針對包括「優惠性原產地原則」與「標準認證」等議題，進行系統性研究，以利因應。